Comme n'importe quel tournage en cours actuellement, ou qui va reprendre, celui des Marseillais VS Le reste du monde 5 est obligé de s'adapter à la crise sanitaire actuelle à cause de la Covid-19. Avant le début de l'aventure, tout "a été repensé et réorganisé pour assurer la sécurité sanitaire des candidats et des équipes. Le protocole a été mis en place avec l'aide d'une société de prévention" comme l'a expliqué Florence Fayard, directrice de Banijay, à Média+.
Sauf que ce n'est pas hyper facile de respecter les gestes barrières quand les candidats et quelques membres de la production habitent tous dans la même maison : "la distanciation sociale et le port du masque sont impossibles. Il fallait donc créer une bulle de sécurité autour des candidats pour qu'ils puissent vivre ensemble et accéder à la villa. Avant le tournage, tous les candidats ont été volontaires pour être isolés, et passer des tests avant d'arriver sur le site." Les candidats, tels que Jessica Thivenin, Julien Tanti ou encore Carla Moreau, se sont retrouvés confinés pendant deux semaines avant d'intégrer Les Marseillais VS Le reste du monde 5.
Les sorties, elles, sont très limitées : "en matière de production, nous avons décidé de tourner en France, pour limiter les risques si l'épidémie évoluait. Nous avons choisi de nous établir dans une grande propriété, au milieu des champs de lavande. Sur le mois de tournage, les sorties sont limitées. Les membres de la production ont été volontaires pour être testés aussi."
Le tournage du cross de W9 est encore plus particulier en cette période puisqu'il y a des départs et des arrivées, comme Mélanie Da Cruz, Kevin Guedj ou encore Maëva Ghennam, qui serait déjà en couple dans l'aventure. La production a donc dû engager encore plus de personnes pour s'assurer de la désinfection de la villa, un surcoût de 15% : "on a fait appel à des 'cleaner' pour la désinfection de la maison qui est assurée deux fois par jour. Quand on se rend sur des lieux extérieurs pour tourner, les espaces ont été privatisés et nettoyés plusieurs heures avant. C'est donc un gros processus avec une équipe plus nombreuse que les années précédentes."