Dans la saison 6 de Castle, plus de doutes, Rick et Kate vont bien nager dans le bonheur. Après leurs fiançailles, les deux partenaires vont être momentanément séparés puisque Beckett partira vivre à Washington. Elle sera cependant rapidement de retour à New York. Dans l'épisode 5, un supposé voyageur dans le temps laissera entendre au couple qu'ils seront parents de trois enfants dans le futur et que Kate deviendra... sénatrice. Ils vont d'ailleurs prendre soin d'un bébé dans l'épisode 10. La première partie de la saison 6 sera surtout consacrée aux préparatifs du mariage du couple. Beckett trouvera même sa robe dans l'épisode 14.
Côté enquêtes, Castle et Beckett vont encore devoir se creuser les méninges. Au début de la saison, Rick se retrouvera en danger de mort après avoir inhalé un virus. Notre écrivain se retrouvera aussi face à une fan dérangée et va devoir aider sa fille à innocenter un homme condamné à mort. Le couple va aussi se frotter au possible retour du 3XK, à celui du père de Rick mais aussi à un pyromane.
Evidemment, Rick et Kate ne seront pas les seuls à traverser des épreuves cette année. Esposito et Lanie vont se rapprocher quand ils seront pris pour cible par un tueur. Ryan et sa femme vont accueillir leur premier enfant dans l'épisode 11. Quant à Alexis, elle va avoir un nouveau petit-ami et se brouiller avec son père.