Marié de 1997 à 1999 à Ingrid Quinn qu'il avait rencontré avant de se faire connaître dans la série Buffy contre les vampires, David Boreanaz rencontre par la suite la belle Jaime Bergman, playmate du magazine Playboy et actrice à ses heures perdues. Deux ans plus tard, en novembre 2001, le couple se marie et auront deux enfants : Jaden (né en mai 2002) et Bella (née en août 2009). Mais leur histoire d'amour ne sera pas sans nuage. S'ils sont toujours en couple aujourd'hui, David Boreanaz a dû faire face à un scandale d'infidélité. En 2010, il reconnaît publiquement avoir trompé son épouse avec une jeune femme. L'année précédente, il fait l'objet d'une plainte d'une figurante qui l'accuse de lui avoir envoyé des messages inappropriés sur le tournage de Bones. Une affaire qui sera réglée en toute discrétion loin des tribunaux.
Du côté d'Emily Deschanel, c'est un peu plus calme. La soeur de Zooey Deschanel a épousé en septembre 2010 David Hornsby, acteur, scénariste et producteur après deux ans de vie commune. Le couple a deux enfants : un fils, Henry, né en 2011 et un autre fils dont on ne connaît pas le prénom né en juin 2015. Les deux grossesses de l'actrice ont été intégrées au scénario de Bones et David Hornsby a fait une apparition dans la série. Il jouait un prêtre dans l'épisode de la saison 9 dans lequel Booth et Brennan se marient.